Biofilteret er hjertet i RAS systemet. Hovedfunksjonen er å sørge for god vannkvalitet gjennom å omdanne ammonium, fra fòr og fiskens gjeller, til det mindre giftige stoffet nitrat. Biofilteret er også avgjørende for å utkonkurrere patogener og skadelige bakterier som hydrogensulfid- eller geosminproduserende bakterier.