Rotenon har tidligere blitt benyttet som et insekticid for å kontrollere skadeinsekter på buskap og landbruksprodukter, samt bekjempelse av utvendige parasitter på husdyr som hunder og katter. I dag brukes ulike rotenonløsninger i hovedsak for for å utslette lakseparasitten Gyrodactylus salaris eller introduserte fiskearter i elver, vassdrag og innsjøer

.